Neuhausen am Rheinfall mesure 8 km2, est situé sur la rive droite du Rhin au sud-ouest de la ville de Schaffhouse. La commune suisse de Beringen (canton de Schaffhouse) se trouvent à sa limite est, Tandis que la ville allemande de Jestetten est à sa lisière sud, alors que sur la rive gauche du fleuve se trouve le canton de Zurich et la commune de Flurlingen. Elle possède en outre deux collines sur son territoire : Neuhauserwald et Engwald.

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